Ubicado en la población del mismo nombre, al norte del estado, aproximadamente a 80 km del Nevado de Toluca, estado de México.
El 8 de enero de 1948 el presbítero Jorge Parra Martínez inició las gestiones ante el obispo de Chilapa para fundar el Seminario Menor; su sucesor, el cura Juvenal Porcayo Uribe, logra a fines de 1948 la autorización obispal y el 16 de febrero de 1949 el obispo diocesano Leopoldo Díaz Escudero inauguró el seminario declarándolo erigido canónicamente, poniéndolo bajo la protección especial de San Juan Bautista María Vianey. A esta solemnidad asistieron los curas Juvenal Porcayo, Jorge Parra Ángel Leguízamo, José Ocampo y los presbíteros Eleuterio Salgado y Víctor Manuel Jaimes, nombrado primer vicerrector del seminario naciente.
El primer año 21 jóvenes cumplieron el curso preparatorio, siendo el padre Misael Mendoza el único que alcanzó el sacerdocio.
En la primera etapa, que fue de 1950 a 1951, la matrícula ascendió a 48 alumnos; al año siguiente se inscribieron 42, incluyéndose en las materias del primer año el Latín, lo que motivó el aumento de la matrícula a 78. En ese año tuvo lugar la erección de la Forancia, como premio al esfuerzo y generosidad del párroco y la parroquia, así como la proyección de un nuevo edificio.
En 1956, después de ocho años de labores, por orden del obispo Alfonso Toriz, el Seminario Menor cambia su ubicación a Chilapa y el Seminario Mayor pasa a Pilcaya. En el periodo escolar 1956–1957 integraron el curso 53 alumnos. Posteriormente, durante los tres años siguientes no hubo seminario en Pilcaya debido a que el obispo Toriz dispuso que el Seminario Mayor pasara a Guadalajara, Jalisco, y que el Menor permaneciera en Chilapa.
Después de la interrupción, en los años de 1961 a 1965, vuelve una parte del Seminario Menor a Pilcaya por acuerdo del obispo Fidel Cortés Pérez, registrando en esa época una inscripción de 141 jóvenes. Al terminar los cursos preparatorios viene otra interrupción debido a que la Iglesia pugnó porque los estudios de los seminaristas se reconocieran oficialmente.
En el curso de 1967 a 1968 se inscribieron 26 alumnos. Las normas disciplinarias y los programas de estudios se equiparan a los del Seminario Conciliar de Chilapa.
Cuenta con un edificio de 5500 m2, ocho aulas, cuatro campos deportivos, dormitorios, comedor, cocina, oficinas y 38 hectáreas que los fieles prestan para el cultivo de frijol, arroz y maíz.
(AHF/UFEP)